Ułatwienia dostępu

Seminarium z Fizyki Biologicznej i Bioinformatyki

Seminarium z Fizyki Biologicznej i Bioinformatyki Online

Computational approaches to model glycosaminoglycan containing, biologically relevant systems

10-05-2023 15:15 - 16:15
Miejsce
Zoom - Instytut Fizyki PAN, Warszawa
E-mail
Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
Speaker
dr hab. Sergey Samsonov, prof. UG
Affiliation
Wydział Chemii, Uniwersytet Gdański

Proteins gain their functional structure in the process of protein folding. Most proteins begin to fold co-translationally on the ribosome while they emerge from its exit tunnel during protein biosynthesis. This is a fundamental process for maintaining cellular proteostasis, failure of which results in polypeptide misfolding and diseases such as Parkinson’s, Alzheimer’s or other proteinopathies. Despite its importance, it remains poorly understood as it is a significant challenge to obtain high-resolution structural data of co-translational protein folding (coTF) using structural biology methods alone; particularly the description of the folding pathways is missing. Consequently, the use of accurate and
efficient computational techniques, especially in combination with NMR and cryo-EM experimental data used as restraints, for reweighting or validation, is imperative for a detailed understanding of protein folding in the cell. In this presentation, I will describe an integrative structural biology approach to study co-translational protein folding, combining bioinformatics, all-atom and coarse-grained molecular dynamics (MD) simulations with structural restraints from various experimental data (NMR chemical shifts, RDCs and cryo-EM maps) and applied it to provide a high-resolution description of snapshots of the protein biosynthesis. I will present the characterisation of the dynamics and interactions of both folded and intrinsically disordered nascent chains on the wild-type bacterial ribosome and the rationally designed ribosome based on bioinformatics analysis. Finally, I will provide the first structural insights into the co-translational folding intermediate that were experimentally confirmed and are the first step to fully characterising the co-translational folding pathway.

 
 

Lista terminów (Strona szczegółów wydarzenia)

  • 10-05-2023 15:15 - 16:15
Zapamiętaj ustawienia
Ustawienia plików cookies
Do działania oraz analizy naszej strony używamy plików cookies i podobnych technologii. Pomagają nam także zrozumieć w jaki sposób korzystasz z treści i funkcji witryny. Dzięki temu możemy nadal ulepszać i personalizować korzystanie z naszego serwisu. Zapewniamy, że Twoje dane są u nas bezpieczne. Nie przekazujemy ich firmom trzecim. Potwierdzając tę wiadomość akceptujesz naszą Politykę plików cookies.
Zaznacz wszystkie zgody
Odrzuć wszystko
Przeczytaj więcej
Essential
Te pliki cookie są potrzebne do prawidłowego działania witryny. Nie możesz ich wyłączyć.
Niezbędne pliki cookies
Te pliki cookie są konieczne do prawidłowego działania serwisu dlatego też nie można ich wyłączyć z tego poziomu, korzystanie z tych plików nie wiąże się z przetwarzaniem danych osobowych. W ustawieniach przeglądarki możliwe jest ich wyłączenie co może jednak zakłócić prawidłowe działanie serwisu.
Akceptuję
Analityczne pliki cookies
Te pliki cookie mają na celu w szczególności uzyskanie przez administratora serwisu wiedzy na temat statystyk dotyczących ruchu na stronie i źródła odwiedzin. Zazwyczaj zbieranie tych danych odbywa się anonimowo.
Google Analytics
Akceptuję
Odrzucam