Seminarium z fizyki biologicznej i bioinformatyki
Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN, Instytutu Fizyki PAN i ICM UW odbywa sie raz na dwa tygodnie na zmiane w obu instytutach.

Środa, 19 maja 2010, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr hab. Jarosław Poznański
(IBB PAN)

Badania strukturalne białek rozwiniętych




Środa, 5 maja 2010, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Paweł Szczęsny
(Wydział Biologii UW i IBB)

Trimeryczne adhezyny autotransportowe: relacje sekwencja-struktura w układach trimerycznych




Środa, 21 kwietnia 2010, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

prof. Jarosław Stolarski
(Instytut Paleobiologii PAN, Warszawa)

Ślady życia w kamieniu, czyli o wpływie organizmów na mineralizacje szkieletu




Środa, 7 kwietnia 2010, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

prof. dr hab. Jan Antosiewicz
(Zakład Biofizyki IFD, UW)

Protonacyjne stopnie swobody w konformacyjnych przejściach białek indukowanych przez zmiany pH




Środa, 24 marca 2010, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr hab. Tomasz Lipniacki
(IPPT)

Aktywacja limfocytu B: równania reakcji-dyfuzji dla kaskady kinaz




Środa, 10 marca 2010, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

prof. dr hab. Andrzej Koliński
(Wydział Chemii UW)

Wieloskalowe modelowanie białek




Środa, 24 lutego 2010, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Maciej Długosz
(ICM UW)

Symulacje dynamiki molekularnej N-terminalnych fragmentów huntingtyny. Konsekwencje dla agregacji.




Środa, 27 stycznia 2010, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

prof. dr hab. Maciej Żylicz
(Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej)

Udział białek opiekuńczych w zwijaniu się innych białek




Środa, 20 stycznia 2010, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Agnieszka Chacińska
(Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej)

Jak zbudować mitochondria?




Środa, 13 stycznia 2010, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Aleksandra Walczak
(Princeton University, USA)

Przetwarzanie informacji w małych układach regulujących ekspresję genów




Piątek, 18 grudnia 2009, godz. 11:00
Zakład Biofizyki Instytutu Fizyki Doświadczalnej, Wydziału Fizyki, UW
ul. Zwirki i Wigury 93, sala nr 3091

dr Joanna I. Sułkowska
(Instytut Fizyki PAN & University of California San Diego)

Omijanie kryzysu w zwijaniu się białek z węzłami




Środa, 2 grudnia 2009, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

prof. Wiesław Nowak
(UMK, Toruń)

Komputerowe badania nanomechaniki biopolimerów - białka macierzy zewnątrzkomórkowej




Środa, 25 listopada 2009, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Thomas Weikl
(Max Planck Institute of Colloids and Interfaces, Potsdam, Niemcy)

Folding, binding and adhesion: statistical-physical models of proteins




Środa, 18 listopada 2009, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

prof. Tomasz Kowalewski
(IPPT)

Mikroprzepływy: narzędzie diagnostyki i manipulacji w naukach biomedycznych




Środa, 28 października 2009, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Harald Janovjak
(Department of Molecular and Cell Biology, UC Berkeley, USA)

Controlling membrane protein structure and function




Środa, 14 października 2009, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Joanna Grzyb
(Instytut Fizyki PAN)

Białka projektowane de novo (makiety białkowe) w badaniach białek z centrami żelazo-siarkowymi i hemem




Środa, 30 września 2009, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Borys Wróbel
(Grupa Biologii Obliczeniowej, Instytut Oceanologii PAN, Sopot)

Ewolucja sieci genowych regulujacych sztuczną embriogenezę w trójwymiarowej przestrzeni z symulowaną fizyką




Środa, 20 maja 2009, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A


Seminarium specjalne - dwa 35 minutowe referaty

Dr Andriy Kryshtafovych
(Protein Structure Prediction Center, University of California at Davis)

CASP - A driving force in protein structure prediction

Dr Torgeir Hvidsten
(Umea Plant Science Center
Umea University and Swedish University of Agricultural Sciences)

A systems biology approach to model the transcriptional network in trees



Środa, 13 maja 2009, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Marcin Grynberg
(Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)

Aerolysins: a family update



Środa, 29 kwietnia 2009, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

prof. Ryszard Stolarski
(Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, UW)

Wielofunkcyjne białko CBC - dynamika wiązania końca 5' mRNA



Środa, 15 kwietnia 2009, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr hab. Sebastian Maćkowski
(Wydział Fizyki, Uniwersytet im. Mikolaja Kopernika w Toruniu)

Spektroskopia fluorescencyjna pojedyńczych kompleksów fotosyntetycznych



Środa, 1 kwietnia 2009, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Beata Kutrowska
(Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, UW)

Green Fluorescent Protein (GFP) - Nagroda Nobla z Chemii 2008



Środa, 11 marca 2009, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

prof. Mirosław Dudek
(Uniwersytet w Zielonej Górze)

Nanocząstki magnetyczne w nano-biomateriałach



Środa, 4 marca 2009, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

prof. Joanna Kufel
(Wydział Biologii, UW)

Wszystkie RNA duże i małe



Środa, 25 lutego 2009, godz. 14:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

prof. Zofia Szweykowska-Kulińska
(Wydział Biologii, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza)

Biogeneza roslinnych mikro-RNA i nowe aspekty regulacji ekspresji genów



Środa, 21 stycznia 2009, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

mgr Julia Romanowska
(ICM UW)

Własności miejsca wiążacego antybiotyki aminoklikozydowe w rybosomie



Środa, 14 stycznia 2009, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Aleksandra Wysłouch-Cieszyńska
(Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)

S-nitrozylacja cystein - jedna z ważnych modyfikacji potranslacyjnych białek



Środa, 17 grudnia 2008, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

mgr Zuzanna Szymańska
(ICM UW)

Indukcja białek szoku termicznego i ich udział w inicjowaniu procesów nowotworowych



Środa, 3 grudnia 2008, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Tadeusz Kosztolowicz
(Instytut Fizyki, Uniwersytet Jana Kochanowskiego, Kielce)

Subdyfuzyjny model rozwoju prochnicy



Środa, 26 listopada 2008, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

mgr inz. Rafał Biedrzycki
(Wydział Elektroniki i Technik Informacyjnych PW)

Konstruktywna indukcja w zadaniu klasyfikacji sekwencji DNA



Środa, 12 listopada 2008, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

prof. dr hab. Teresa Zołądek
(Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)

Udział ligazy ubikwitynowej Rsp5/Nedd4 w transporcie białek i organizacji cytoszkieletu aktynowego u drożdży S. cerevisiae



Środa, 22 października 2008, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr hab. Wojciech Dzwolak
(Wydział Chemii UW)

Chiralna bifurkacja - nowe zjawisko w misfoldingu i agregacji białek



Środa, 8 października 2008, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr hab. Paweł Pomorski
(Instytut Biologii Doświadczalnej PAN)

Cytoszkielet a homeostaza wapniowa



Środa, 4 czerwca 2008, godz. 15:00
sala A, IBB, ul. Pawińskiego 5A

Prof. Krzysztof Kuczera
(University of Kansas at Lawrence, Department of Chemistry and Department of Molecular Biosciences)

Simulation of peptide folding kinetics with milestoning



Środa, 14 maja 2008, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Anna Niedźwiecka (Instytut Fizyki PAN)

Pare uwag o komunikacji konców 5' i 3' w metabolizmie eukariotycznego mRNA



Środa, 7 maja 2008, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Radoslaw Przeniosło (Instytut Fizyki Doświadczalnej UW)

Własności strukturalne i termiczne biogenicznego CaCo3 - badania szkieletów koralowców



Środa, 23 kwietnia 2008, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula (Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii, UJ, Kraków)

Jak białko kotwiczy sie w błonie



Środa, 9 kwietnia 2008, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Jacek Jaworski (IIMCB, Warszawa)

mTOR - wielofunkcyjna kinaza w układzie nerwowym



Środa, 26 marca 2008, godz. 15:00
sala A, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr hab. Piotr Garstecki (Instytut Chemii Fizycznej, Warszawa)

Dlaczego bakterie E. coli pływają prawą stroną?



Środa, 27 lutego 2008, godz. 15:00
sala A, IBB, ul. Pawińskiego 5A

prof. Piotr Stępień (Instytut Biochemii i Biofizyki)

Jeden gen wiele funkcji - opowieść o ludzkiej helikazie RNA



Środa, 20 lutego 2008, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr hab. Marek Tchórzewski (Wydział Biologii i Nauk o Ziemi, UMCS, Lublin)

Struktura i funkcja elementów tworzących rybosomalne centrum GTPazowe



Środa, 23 stycznia 2008, godz. 15:00
sala A, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Sebastian Kmiecik (Wydział Chemii UW)

Wielkoskalowe symulacje mechanizmów zwijania białek globularnych



Środa, 9 stycznia 2008, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

prof. Wojciech Rode (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN)

Modyfikacje potranslacyjne a właściwosci katalityczne i niekatalityczne



Środa, 19 grudnia 2007, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Maciej Długosz (ICM UW)

Asocjacja antybiotyków aminoglikozydowych z rybosomalnym miejscem A. Symulacje dynamiki Brownowskiej.



Środa, 5 grudnia 2007, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Agnieszka Jabłonowska (IBB)

Spektroskopia mas w badaniach struktury oligomerow peptydu Abeta związanego z chorobą Alzheimera



Środa, 28 listopada 2007, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Anna Ajduk (Wydział Biologii, Uniwersytetu Warszawskiego)

Aktywacja rozwoju zarodkowego ssaków



Środa, 14 listopada 2007, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Aleksandra Nowicka (Instytut Fizyki PAN)

Identyfikacja genów cech ilościowych QTL (Quantitative Trait Loci) u jabłoni



Środa, 24 października 2007, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Jerzy Pełka (Instytut Fizyki PAN)

Promieniowanie synchrotronowe w biologii i medycynie



Środa, 17 października 2007, godz. 15:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

mgr Szymon Niewieczerzał (Instytut Fizyki PAN)

Stan przejściowy dla zwijania się białek w prostych modelach teoretycznych



Środa, 3 października 2007, godz. 15:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

mgr Izabela Rutkowska-Włodarczyk (Instytut Fizyki PAN)

Spektrometria mas w proteomice: od proteomiki różnicowej i szukania biomarkerów do badania struktur białkowych



Wtorek, 18 września 2007, godz. 14:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

Prof. Roy L. Johnston (School of Chemistry, University of Birmingham, UK)

Applications of Natural Computing to the Protein Folding Problem
(Genetic algorithms, ant colony optimization, artificial immune algorithms)




Poniedziałek, 21 maja 2007, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

mgr Grzegorz Chojnowski
(Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej UW i Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie)

Silne i najsilniejsze sygnały w obrazach dyfrakcyjnych kryształów białek



Poniedziałek, 7 maja 2007, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

prof. dr hab. Robert Holyst (Instytut Chemii Fizycznej PAN)

Dyfuzja i lepkość w zatłoczonym środowisku od skali nano do skali makro



Poniedziałek, 16 kwietnia 2007, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

doc. dr hab. Dariusz Stepkowski (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN)

Rozważania teoretyczne na temat amyldoidogenezy białka prionowego



Poniedziałek, 2 kwietnia 2007, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Anna Gambin (Instytut Informatyki Uniwersytetu Warszawskiego)

Stochastyczne modelowanie w analizie danych proteomicznych



Poniedziałek, 26 marca 2007, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

doc. dr hab. Krystyna Kolwas (Instytut Fizyki PAN)

Światło jako narzędzie w badaniach przemian energetycznych w mitochondriach plemnikowych



Poniedziałek, 19 marca 2007, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Aleksandra Nowicka (Instytut Fizyki PAN)

Tablice częstości podstawień aminokwasowych PAM w kontekście analiz filogenetycznych genomów bakteryjnych



Poniedziałek, 12 marca 2007, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Paweł Daniluk (CD Bioexploratorium, Wydział Fizyki UW)

Lokalne deskryptory struktur białkowych. Wprowadzenie teoretyczne oraz zastosowania do analizy i przewidywania struktury



Poniedziałek, 19 lutego 2007, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Krzysztof Pawłowski (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN)

Zastosowania bioinformatyki w przemyśle faramceutycznym - poszukiwanie nowych genów docelowych dla leków



Poniedziałek, 22 stycznia 2007, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Agnieszka Podlaska (IBB PAN)

Rola proteasomu w odpowiedzi komórek eukariotycznych na uszkodzenia DNA



Poniedziałek, 8 stycznia 2007, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

prof. Danek Elbaum (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN)

Mechanizmy toksyczności beta-amyloidu



Poniedziałek, 18 grudnia 2006, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Antoni Zwiefka (Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN, Wrocław)

Metoda selekcji bibliotek fagowych w badaniach struktury i funkcji białek



Poniedziałek, 11 grudnia 2006, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Dorota Szczepankowska (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN)

Wpływ palmitoilokarmityny na zmiany struktury błony komórkowej



Poniedziałek, 4 grudnia 2006, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Wojciech Karlowski (UAM Poznań)

Greenformatics: wybrane metody poznania i analizy genomów roślinnych



Poniedziałek, 13 listopada 2006, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr inż. Justyna Barańska (Instytut Fizyki, Politechnika Poznańska)

Ewolucja konformacji i parametrów węzłów zaciskanych na idealnej linie



Poniedziałek, 6 listopada 2006, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

mgr. Michał Boniecki (Wydział Chemii UW)

Ciągły i pośredniej rozdzielczości model białka - Refiner: konstrukcja i zastosowania



Poniedziałek, 16 października 2006, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

Dr Michał Wojciechowski (Instytut Fizyki PAN)

Wpływ ciśnienia na oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe w ramach gruboziarnistych modeli Go



Poniedziałek, 2 października 2006, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

Dr Piotr Szymczak (Instytut Fizyki Teoretycznej Uniwersytetu Warszawskiego)

Rozciąganie i zwijanie białek pod wpływem stałej siły



Poniedziałek, 22 maja 2006, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

Dr Dominik Gront (Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego)

Wybrane aspekty modelowania białek w zredukowanej przestrzeni konformacyjnej



Poniedziałek, 24 kwietnia 2006, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

mgr Bartosz Różycki (IT UW)

Adhezja błon z aktywnymi składnikami



Poniedziałek, 03 kwietnia 2006, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

Dr hab. Andrzej Kloczkowski (Iowa State University)

Przewidywanie struktury drugorzędowej białek



Seminarium specjalne

Czwartek, 23 marca 2006, godz. 14:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

Dr. TOBIAS HENZLER (Bio-Logic - Science Instruments SA, F-38640 Claix, France)

Introduction to the Stopped-flow Technique - Principles and Instrumentation



Poniedziałek, 20 marca 2006, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Joanna Trylska (ICM UW)

Właściwości elektrostatyczne i dynamika rybosomu bakteryjnego



Poniedziałek, 27 lutego 2006, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

dr Michał Wojciechowski (Instytut Fizyki PAN)

Uogólniony model Borna - zalety i wady uproszczonego rozwiązywania Poissona-Boltzmanna



Poniedziałek, 20 lutego 2006, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Tomasz Lipniacki (IPPT PAN)

Stochastyczna regulacja wczesnej odpowiedzi immunologicznej: Model NF-kappaB



Poniedziałek, 16 stycznia 2006, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

Jan Karbowski (California Institute of Technology)

Fizyczne i biologiczne zasady funkcjonowania mozgu: od robakow C Elegans do ssakow



Poniedziałek, 09 stycznia 2006, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Barbara Wawro (Instytut Biologii Doswiadczalnej PAN i University of Medicine and Dentistry of New Jersey, USA)

Regulacja polimeryzacji aktyn w komórkach: forminy



Poniedziałek, 19 grudnia 2005, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

Bertrand Vileno (Institute of Physics of Complex Matter, Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL))

From carbon and semiconductor nanostructures to biological targets - photo-oxidative stress



Poniedziałek, 14 listopada 2005, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

mgr Szymon Niewieczerzal (Instytut Fizyki PAN)

Symulacje procesów asocjacji guaniny z fosforylazą nukleozydów purynowych metodami dynamiki brownowskiej



Poniedziałek, 24 października 2005, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

dr Valentina Tozzini (NEST CNR-INFM i Scuola Normale Superiore, Piza, Wlochy)

Coarse-grained models for large time-scale molecular dynamics simulations



Poniedziałek, 17 października 2005, godz. 10:00
sala D, IF PAN, Al. Lotników 32/46

Dr Piotr Pawłowski (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)

Od retikulocytu do erytrocytu



Poniedziałek, 3 października 2005, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

Prof. Marek Cieplak (Instytut Fizyki PAN)

Stan przejściowy w zwijaniu się białek - model ścisły



Poniedzialek, 9 maja 2005, godz. 10:00
sala E, IBB, ul. Pawińskiego 5A

Dr Wojciech Dzwolak (Instytut Fizyki Wysokich Cisnień PAN)

O amyloidogenezie, czyli o molekularnej socjopatii białek



  prof. Marek Cieplak (IFPAN)
prof. Piotr Zielenkiewicz (IBB)